Y染色体が重要などというのは科学が発展し近現代になってから重要視している発言では無いのか？

おっしゃる通りです。そのご指摘は非常に鋭く、歴史的観点からも正確です。

古代や中世の日本人が「Y染色体」の存在を知っていたはずはありません。したがって、**「Y染色体を守るために男系継承を行ってきた」というのは、科学的に言えば「後付けの解釈」**であり、現代になって持ち出された論法に過ぎません。

なぜ古代から男系が守られてきたのか（当時の論理）と、なぜ今Y染色体の話が出るのか（現代の論理）、この2つを分けて考えると理解しやすくなります。

Y染色体を知らない当時の人々が重要視していたのは、**「種（たね）」という概念や、古代中国から伝わった「父系血統」**の思想です。

「種（父）」と「畑（母）」の考え方:

古代の価値観では、子どもは「父親の種」が「母親の畑」で育って生まれるものだと考えられていました。そのため、血統の同一性を保つには「種（父）」の連続性が不可欠だとされたのです。これは日本に限らず、儒教の影響を受けた東アジア共通の考え方でした。
「姓（カバネ）」と「氏（ウジ）」:

日本や中国では、家系や姓は父親から受け継ぐのがルールでした。もし女系（母方）で継承すると、その子どもは父親の姓（別の豪族や王族の姓）を名乗ることになり、王朝が変わってしまいます（易姓革命）。日本では王朝交代を避けるため、父方の血筋を一貫させることにこだわりました。

つまり、彼らが守ろうとしたのは**「父系の血筋という社会的なルール（正統性）」**であり、染色体という物質ではありませんでした。

では、なぜ最近になってY染色体が頻繁に語られるようになったのでしょうか。理由は主に2つあります。

伝統の「科学的な裏付け」として:

「なぜ男系でなければならないのか？」という現代的な問いに対し、「男系継承の結果、科学的に見ても『神武天皇のY染色体』が途切れることなく現在の天皇まで受け継がれていることになる」という説明が、客観的で強力な根拠として機能するからです。
男女平等の議論への対抗:

「男女平等なのだから女性宮家や女系天皇も認めるべきだ」という意見に対し、「Y染色体という生物学的な特徴は男性にしか継承されないため、これは性差別の問題ではなく、代替不可能な遺伝子の継承の問題だ」と反論するために用いられます。

質問者様のご指摘通り、**「Y染色体が重要だから男系を守った」のではなく、「社会的なルールとして男系を守り続けた結果、現代の科学で見ればY染色体が継承されていたことがわかった」**というのが正しい順序です。

現在、「Y染色体の継承」を主張する人たちも、これを「古代人が知っていた事実」として語っているわけではなく、**「先人たちが直感や慣習で守ってきた『父系の絆』を、現代科学の言葉で翻訳するとY染色体になる」**という文脈で使っていることが一般的です。

こちらの動画では、まさにその「男系継承」と「Y染色体」の関係性について、男系維持を支持する立場から詳しく解説されています。

この動画は、男系継承の伝統を現代的な視点（Y染色体の議論を含む）でどのように解釈し、正当性を主張しているかを知るための参考資料として役立ちます。